Trường Đại học Thủy lợi là một trong 74 cơ sở đào tạo (đợt tháng 6 năm 2021) được Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép đào tạo trình độ tiến sĩ theo Đề án nâng cao năng lực đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý các cơ sở giáo dục đại học đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo giai đoạn 2019-2030 (Đề án 89) theo Quyết định số 1667/QĐ-BGDĐT ngày 01/06/2021.
Chi tiết các ngành tham gia đào tạo của Trường xem tại http://daotao.tlu.edu.vn/ftp/p3/upload/NCS/1667_QD_BGDDT.pdf