Tháng 12/1986 Đại hội toàn quốc lần thứ VI của Đảng đã đề ra đường lối đổi mới sâu sắc và toàn diện trên các lĩnh vực chính trị, kinh tế, văn hoá, xã hội cả về lý luận và thực tiễn. Nền kinh tế nước ta từ chỗ theo cơ chế tập trung, quan liêu, bao cấp dần dần được thay thế bằng nền kinh tế nhiều thành phần, vận hành theo cơ chế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa.
Những năm cuối thập kỷ 80 đến năm 1991, tình hình kinh tế – xã hội của đất nước đang ở trong giai đoạn khó khăn trầm trọng; Tình hình thế giới có những biến động sâu sắc, Liên Xô và các nước Xã hội chủ nghĩa Đông Âu sụp đổ, phong trào cách mạng thế giới lâm vào thoái trào, tình hình chính trị, kinh tế thế giới và trong nước có những biến động không thuận lợi… đã có tác động tiêu cực đến tư tưởng của cán bộ đảng viên, quần chúng và sinh viên trong Trường.
Trước tình hình ấy, Đảng bộ chủ trương tăng cường mạnh mẽ công tác giáo dục chính trị tư tưởng nhằm thống nhất ý chí và hành động trong toàn Trường. Đảng bộ đã đề ra nhiều giải pháp, xây dựng các chương trình hành động từng bước đổi mới công tác đào tạo, công tác tổ chức cán bộ, công tác quản lý nhà trường… Công tác chính trị tư tưởng trong thời kỳ này tập trung quán triệt làm cho cán bộ giáo viên, công nhân viên và sinh viên thấm nhuần Cương lĩnh xây dựng chủ nghĩa xã hội trong thời kỳ quá độ đã được thông qua tại Đại hội VII của Đảng. Nắm vững Đường lối và Chiến lược phát triển kinh tế – xã hội của Đảng, giáo dục về tinh thần cảnh giác cách mạng, đấu tranh chống diễn biến hoà bình và âm mưu phá hoại của địch…
Công tác tư tưởng được đổi mới với nhiều hình thức phong phú từ khâu cung cấp kịp thời thông tin, các định hướng, các quan điểm của Đảng đối với các sự kiện, các vấn đề lớn trong đời sống xã hội đến việc tổ chức mạng lưới cộng tác viên nắm bắt kịp thời các dư luận phát sinh trong việc tổ chức thực hiện các Nghị quyết, các chủ trương chính sách của Đảng. Bộ máy làm công tác giáo dục chính trị được tăng cường, các Ban Tuyên giáo Đảng uỷ và các đoàn thể trong Trường luôn được củng cố, đổi mới phương pháp hoạt động. Đảng bộ đã tổ chức các đợt sinh hoạt chính trị, quán triệt Nghị quyết các Đại hội VI, VII, VIII, IX, X và các Nghị quyết Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Chỉ đạo tổ chức tốt việc giảng dạy các môn khoa học Mác – Lênin và Tư tưởng Hồ Chí Minh. Thường xuyên tổ chức các buổi nói chuyện thời sự và chuyên đề, chỉ đạo và tạo điều kiện tốt nhất để các đoàn thể và sinh viên trong Trường hưởng ứng các cuộc thi tìm hiểu về Đảng, về Tư tưởng Hồ Chí Minh, về Thủ đô Hà Nội, về pháp luật và về bảo vệ môi trường…
Công tác xây dựng Đảng trong thời kỳ này được gắn kết với các cuộc vận động lớn: triển khai thực hiện Nghị quyết 04 của Bộ Chính trị (Khóa VII) về cuộc vận động “Đổi mới và chỉnh đốn Đảng”, tổ chức kiểm điểm tự phê bình và phê bình theo tinh thần Nghị quyết Trung ương 6 (lần 2) Khoá VIII, quán triệt thực hiện Quy định 19, Quy định 55 của Trung ương về những điều đảng viên không được làm, Quy định 76 của Bộ Chính trị ngày 15/6/2000 giới thiệu đảng viên về sinh hoạt với chi bộ ở nơi cư trú, Chỉ thị số 29-CT/TƯ của Ban Bí thư ngày 17/10/2003 về việc đổi thẻ đảng viên gắn với đánh giá chất lượng đảng viên…
Để đáp ứng yêu cầu đổi mới công tác lãnh đạo và quản lý theo hướng dân chủ hoá, công khai hoá, Đảng bộ chủ trương xây dựng và ban hành các quy chế, quy định, quy trình công tác để thể chế hoá các khâu công việc trong Đảng bộ và Nhà trường: “Quy chế về chế độ làm việc và quan hệ công tác của Đảng bộ Trường Đại học Thuỷ lợi” (1/1995), “Quy định chức năng, nhiệm vụ của chi bộ Đảng trong Trường Đại học Thuỷ lợi” (5/1995), “ Quy chế thực hiện dân chủ trong Trường Đại học Thuỷ lợi ” (4/1999); các Quy chế làm việc của Đảng uỷ, các Ban của Đảng uỷ, quy định trong công tác xét kết nạp Đảng… cùng với hàng chục các quy chế, quy định của Nhà trường được xây dựng và ban hành đã góp phần từng bước đổi mới, hoàn thiện cơ chế quản lý Nhà trường. Trong dịp tổng kết 5 năm thực hiện Chỉ thị 30- CT/TƯ của Bộ Chính trị về xây dựng và thực hiện Quy chế dân chủ ở cơ sở, Trường Đại học Thuỷ lợi là Trường duy nhất trong khối các trường Đại học, Cao đẳng ở Hà Nội được Thành phố tặng Bằng khen.
Để định hướng và chỉ đạo các khâu công tác chính và quan trọng trong Trường, Đảng uỷ đã xây dựng và ban hành các Nghị quyết chuyên đề: Nghị quyết về công tác đào tạo (7/1999), Nghị quyết về công tác xây dựng cơ sở vật chất (10/1999), Nghị quyết về xây dựng đội ngũ cán bộ công chức (6/2002), Nghị quyết về công tác khoa học công nghệ (1/2003), Nghị quyết về công tác Thanh niên, Sinh viên (3/2006), Nghị quyết về chỉ đạo triển khai thực hiện Chiến lược phát triển Trường Đại học Thuỷ lợi giai đoạn 2006 – 2020 (8/2006)… và xây dựng các Đề án, Kế hoạch công tác để triển khai thực hiện các công tác lớn, đột xuất của Đảng bộ và Nhà trường.
Công tác đánh giá chất lượng chi bộ, chất lượng đảng viên được tiến hành định kỳ đúng với các văn bản hướng dẫn của Ban Tổ chức Trung ương và Đảng ủy cấp trên. Công tác kiểm tra được chú trọng và đi vào nề nếp. Công tác phát triển Đảng luôn được các cấp uỷ Đảng xác định là nhiệm vụ quan trọng thường xuyên của Đảng bộ, số lượng đảng viên mới kết nạp nhiệm kỳ sau tăng hơn nhiệm kỳ trước. Trong 8 nhiệm kỳ, Đảng bộ kết nạp được 554 đảng viên mới, trong đó có 383 đảng viên là sinh viên ưu tú.
Công tác tổ chức cán bộ được Đảng bộ và Nhà trường hết sức quan tâm, quy hoạch cán bộ lãnh đạo quản lý các cấp được Đảng uỷ thông qua vào các năm 1989, 1994, 1998. 2001, 2006, 2008. Công tác đánh giá cán bộ, đề bạt, bổ nhiệm, tuyển dụng cán bộ được thực hiện theo quy trình đảm bảo công khai, dân chủ, đúng chức danh, tiêu chuẩn. Đội ngũ cán bộ giảng dạy được bổ sung, tăng cường cả về số lượng và chất lượng. Nhiều Hội nghị chuyên đề về công tác tổ chức cán bộ được tổ chức đã khai thác, phát huy được trí tuệ tập thể của Nhà trường. Bộ máy tổ chức của Nhà trường luôn được cải tiến, điều chỉnh, bổ sung… đã đáp ứng kịp thời những yêu cầu, nhiệm vụ và sự phát triển của Nhà trường trong từng thời kỳ.
Công tác đào tạo của Nhà trường đạt được những thành tựu to lớn. Hệ thống ngành, chuyên ngành không ngừng được hoàn thiện, nâng cấp và mở rộng; quy mô đào tạo Đại học và Sau đại học từng bước mở rộng một cách hợp lý. Số lượng tuyển sinh năm sau cao hơn năm trước. Chương trình học được đổi mới, bổ sung nhiều môn học mới, cập nhật nhiều kiến thức mới, phương pháp giảng dạy được cải tiến. Công tác quản lý đào tạo, kế hoạch đào tạo, tổ chức thi từng bước được chuẩn hoá, tin học hoá, tiếp cận với cách tổ chức hiện đại. Chất lượng đào tạo từng bước được nâng cao, kỹ sư Thuỷ lợi ra trường được xã hội chấp nhận và đánh giá tốt.
Hoạt động nghiên cứu khoa học và phục vụ sản xuất của Trường phát triển mạnh mẽ cả về số lượng và chất lượng, đã thực hiện có kết quả hàng chục đề tài cấp Nhà nước, cấp Bộ; khảo sát, thiết kế, thi công hàng trăm công trình trong cả nước, đóng góp thiết thực cho sự phát triển kinh tế – xã hội. Năm 2003, Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thuỷ lợi và Môi trường đã được Bộ Văn hoá thông tin cấp giấy phép, xuất bản định kỳ 3 tháng 1 số với chất lượng ngày càng cao.
Công tác hợp tác quốc tế ngày càng phát triển và mang lại hiệu quả thiết thực. Tháng 8/1988, Trường đã được công nhận là thành viên của Tổ chức giáo dục khu vực Châu Á – Thái Bình Dương (ESCAP). Dự án VIE 88/007 do UNDP tài trợ đã hoàn thành tốt đẹp; Dự án“Tăng cường năng lực cho Trường Đại học Thuỷ lợi” do Chính phủ Đan Mạch tài trợ đã kết thúc thành công; Dự án “Tăng cường năng lực đào tạo ngành Kỹ thuật bờ biển tại Trường Đại học Thuỷ lợi ” do Chính phủ Hà Lan tài trợ đã hoàn thành tốt Pha 1 và đang tiếp tục triển khai Pha 2. Đã mở rộng liên kết hợp tác đào tạo, khoa học công nghệ với hàng chục Trường Đại học và Viện Nghiên cứu của các nước, cử hàng trăm cán bộ, giáo viên đi nghiên cứu học tập tại nước ngoài.
Công tác xây dựng cơ sở vật chất được đầu tư có hiệu quả: Xây dựng Phòng thí nghiệm thuỷ lực tổng hợp, cải tạo nhà 5, 6, 7 cải thiện chỗ ở cho hơn 100 hộ gia đình, xây dựng khu giáo dục thể chất, các nhà C4, C5, cải tạo khu giảng đường A4…Dự án mở rộng trường (A45) đã thực hiện xong nhà giảng đường lớn (T45), thư viện, trạm biến áp và đang tiếp tục xây dựng khu Ký túc xá 11 tầng. Tại Cơ sở 2 đã hoàn thành: nhà giảng đường và ký túc xá sinh viên 7 tầng, 3 phòng thí nghiệm mới và dự án mở rộng Cơ sở 2 tại Bình Dương. Thư viện, phòng thí nghiệm, phòng học thường xuyên được nâng cấp, từng bước hiện đại hoá.
Đất nước ta bước vào giai đoạn hội nhập kinh tế quốc tế với quy mô toàn cầu, điều đó đã tạo ra những cơ hội mới, thách thức mới và có tác động sâu sắc tới tất cả các lĩnh vực kinh tế và xã hội. Nhạy bén trước xu thế hội nhập và phát triển của đất nước, tháng 4/2005 Nhà trường đã khởi động việc xây dựng Chiến lược phát triển Trường Đại học Thuỷ lợi giai đoạn 2006 – 2020 với mục tiêu đổi mới cơ bản và toàn diện, “Phấn đấu trở thành một trong mười trường đại học hàng đầu của Việt Nam đào tạo nguồn nhân lực và nghiên cứu khoa học chất lượng cao”.
Đảng bộ luôn chăm lo củng cố các tổ chức đoàn thể trong Trường bằng việc định hướng hoạt động, giới thiệu cán bộ chủ chốt; hàng quý Đảng uỷ nghe báo cáo và tham gia ý kiến. Hoạt động của các đoàn thể đều bám sát các Nghị quyết của Đảng uỷ và kế hoạch công tác của Trường.
Công đoàn Trường luôn phát huy tốt công tác tham gia quản lý nhà trường, tổ chức các phong trào thi đua, phối hợp tham gia quản lý chuyên môn, đổi mới phương pháp giảng dạy, thực hiện quy chế dân chủ, xây dựng nếp sống văn hoá công sở, quản lý chi tiêu nội bộ, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí… Công tác nữ công có nhiều hoạt động thiết thực, phong trào thi đua “Giỏi việc trường, đảm việc nhà” được duy trì thường xuyên, phát triển sâu rộng, thu hút đông đảo nữ cán bộ công chức và nữ sinh tham gia. Công đoàn Trường được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng 3 (1999) và liên tục là công đoàn cơ sở vững mạnh xuất sắc.
Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Sinh viên Trường làm tốt công tác giáo dục chính trị tư tưởng, hoạt động của Đoàn và Hội được tổ chức liên tục, sôi nổi với nhiều hình thức phong phú: “Phong trào thanh niên tình nguyện”, “Học tập và rèn luyện vì ngày mai lập nghiệp”, “phong trào tự quản”, “nói không với tiêu cực và bệnh thành tích trong giáo dục”; các phong trào học tập sáng tạo tiếp sức mùa thi, tham gia khắc phục lũ lụt, xoá đói, giảm nghèo đã thu hút đông đảo sinh viên tham gia. Qua hoạt động thực tiễn đã bồi dưỡng và giới thiệu được nhiều đoàn viên ưu tú dự các lớp bồi dưỡng nâng cao nhận thức về Đảng. Đoàn Thanh niên, Hội Sinh viên Trường liên tục được công nhận là đơn vị xuất sắc được tặng nhiều cờ thi đua và bằng khen.
Tháng 12/2001, Hội Cựu chiến binh của Trường được thành lập đã tập hợp, đoàn kết các cựu chiến binh tiếp tục giữ vững và phát huy truyền thống “Bộ đội Cụ Hồ” trong công tác Nhà trường. Hội Cựu chiến binh Trường liên tục được công nhận là đơn vị trong sạch, vững mạnh được tặng nhiều bằng khen.
Trong thời kỳ này, Trường Đại học Thuỷ lợi đã được Nhà nước trao tặng những phần thưởng cao quý:
– Năm 1989 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Ba; Năm 1994 Huân chương Độc lập hạng Hai; Năm 1999 Huân chương Độc lập hạng Nhất.
– Năm 2000 được Nhà nước phong tặng danh hiệu Anh hùng lao động trong thời kỳ đổi mới.
– Năm 2004 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Hồ Chí Minh.
Đảng bộ Trường được:
– Quận uỷ Đống Đa công nhận là “Đảng bộ trong sạch vững mạnh năm 1985–1986”.
– Thành uỷ Hà Nội tặng cờ “Đảng bộ vững mạnh từ năm 1989 đến 1993”.
– Thành uỷ Hà Nội công nhận “Đảng bộ vững mạnh xuất sắc thời kỳ 1991–1995”.
– Thành uỷ Hà Nội khen thưởng tặng cờ “Đảng bộ trong sạch vững mạnh tiêu biểu 5 năm 1995–1999”, cờ “Đảng bộ trong sạch vững mạnh tiêu biểu 5 năm 2000–2004”, là Đảng bộ duy nhất trong khối các Trường Đại học, Cao đẳng ở Hà Nội 3 lần 5 năm liền được Thành ủy Hà Nội tặng cờ Đảng bộ trong sạch vững mạnh xuất sắc
– Liên tục 17 năm từ năm 1989 đến 2005 Đảng bộ Trường được công nhận là Đảng bộ trong sạch, vững mạnh.
Thời kỳ này Đảng bộ tiến hành 9 kỳ Đại hội Đảng bộ nhiệm kỳ.